Adana-Niğde-Kayseri ile Nevşehir-Ürgüp-Kayseri’yi birleştiren çağın önemli yollarından İpekyolu üzerindeki kavşakta, İncesu’da 1660 yılında Merzifonlu Kara Mustafa Paşa tarafından bir külliye olarak yaptırılmıştır. Merzifonlu Kara Mustafa Paşa Kervansarayı, çarşı, cami, medrese, tabhane ve hamam ile birlikte külliyeyi meydana getirmektedir.
Kervansarayın cephesi kuzeydoğuda yola paralel olarak yerleştirilmiştir. Bir yanı cami avlusu, bir kenarını kuşatan arasta aynı yönü korumuştur. Kervansarayın üç yanı revakla çevrili, avlusunun iç ölçüleri yola bakan ve arastaya bitişik olan yanlarda 56 metre, güneydoğuda 51,20 metre, kuzeybatıda 49,60 metredir. Arkasını dereye vermiş olan güneydoğu duvarı dıştan payandalarla ve ayrıca külliyenin suyunu sağlayan ve ilçeye adını veren İncesu deresinin üstünde üç gözlü olarak inşa edilen su kemerleri vasıtasıyla takviye edilmiştir. Su kemerleri altından at, üzerinden insan rahatça geçebilecek durumdaydı. Zaman içerisinde sel sularının alüvyonlarıyla köprünün gözleri daralmış ve 1970’li yıllarda ilçenin sel suları altında kalmasına sebep olmuştur.
Kervansarayın kışlık kısmının dış ölçüleri 53.50×29.50 m. olan büyük ve yüksek bir yapıdır. Sivri, beşik tonozlu bir ön hacmin gerisindeki kapıdan, ortada altışardan iki sıra ayağa binen 21 çapraz tonozun örttüğü iç mekana geçilir. Kışlık kısmın dört yanı bir seki ile çepeçevre kuşatılmış, sekinin gerisine 36 ocak yeri konulmuştur. Bu ocakların bacaları dört satıhlı çatının kenarlarında yükselir.
Avlunun güneybatı köşesinde artan yer ise helalar ile onların gerisinde bulunan hacimli bir kısımla doldurulmuştur. Dikdörtgen biçiminde, üstü açık bir hole açılan dört hücreli hela kısmı kervansarayın avlusu ile bağlantılıdır. Daha geride hela dizisini tamamlayan iki hücre ise beşik tonozla örtülü bir odaya açılır.
Kervansarayın kitabesinin metni şöyledir:
Hayr’ül Carisi erdi İncesu’ya
Hanı Hama ve Cami etti bina
Eseri kaldı ta ebed baki
Kabbel’a Allahü hayrahü ebeda
Saniyen geldi sal-i tarihi
Oldu bir cami ile han peyda
